TY - JOUR T1 - Design and analysis of a new immunogenic structure based on natural toxins in the treatment of cancer using bioinformatics tools TT - طراحی و آنالیز یک سازه ایمنی‌زا جدید بر پایه سموم طبیعی در درمان سرطان با استفاده از ابزارهای بیوانفورماتیکی JF - ijcair JO - ijcair VL - 2 IS - 3 UR - http://ijca.ir/article-1-136-fa.html Y1 - 2023 SP - 11 EP - 21 KW - Cancer KW - immunotoxin KW - bioinformatics KW - monoclonal antibodies N2 - مقدمه: سرطان‌ها از رایج‌ترین بیماری‌های شناخته‌شده در سراسر جهان می‌باشد که دارای ناهمگنی‌های بافتی و ساختاری زیادی هستند که این باعث می‌شود فرایند درمان در آن‌ها با مشکل همراه باشد. سرطان سینه از معروف‌ترین آن­ها است که بسیاری از بیماران مبتلا به آن HER2 مثبت هستند. امروزه درمان‌های رایج سرطان به اندازه کافی در مهار مرگ‌ومیر افراد مؤثر نیستند. ایمونوتوکسین­ها مولکول‌های هیبرید هستند که حاوی یک قسمت ایمنی، که یک آنتی‌بادی یا یک قسمت اتصالی از آنتی‌بادی و قسمت دیگر آن یک بخش سمی است. در این مطالعه، ما به دنبال طراحی یک ایمونوتوکسین جدید، از جمله ضد گیرنده HER2، تراستوزوماب، مشتق شده از یک قطعه متغیر تک زنجیره‌ای (scFv) با اتصال به بخشی عملکردی از زهر خانواده عنکبوتیان بنام نوروتوکسین هستیم. روش‌ها: ما به ترتیب با استفاده از ProtParam، PepCalc، خصوصیات فیزیکی شیمیایی، ساختار ثانویه و حلالیت پروتئین کایمریک مورد بررسی قرار گرفت. یک مدل سه‌بعدی (3D) با استفاده از سرورهای I-TASSER از پروتئین هیبرید ایجاد شد. سپس بررسی ساختار و حلالیت آن با استفاده از PROCHECK و protein-sol ارزیابی شد. از سرور AllergenFP v.1.0 برای پیش‌بینی حساسیت به ایمونوتوکسین استفاده شد و پایداری mRNA توسط RNAfold نیز ارزیابی شد. سرانجام داکینگ بین ایمونوتوکسین و HER2 با استفاده از سرور ClusPro صورت گرفت.یافته­ها: نتایج بدست آمده از تحلیل‌ها نشان داد که پروتئین هیبرید می‌تواند یک پروتئین با ساختار ثانویه پایدار در محلول باشد و دارای ساختار سه‌بعدی قوی است و همچنین دارای mRNA با ساختار نسبتاً پایدار بود و می‌تواند به گیرنده HER2 متصل شود.نتیجه‌گیری: نتایج حاصل از ایمونوتوکسین طراحی شده بیانگر یک پروتئین پایدار و محلول با توانایی اتصال مطلوب به گیرنده‌های HER2 بود که این ویژگی‌ها آن را به عنوان یک کاندیدای ایمونوتوکسینی مناسب برای استفاده در درمان سرطان پستان تبدیل کرده است که اطمینان از آن‌ها نیازمند مطالعات و بررسی آن در فازهای بالینی می‌باشد. M3 ER -